一般是用搅拌的方式来操作真空干燥机的，当然了在进行干燥的时候我们还需要进行不停的搅动，但是我们也应该要知道，不同人群对真空干燥机的要求那是不一样的，所以说我们能够进行适当的调整是比较好的。但是他也存在着的缺点，好比说他的结构比较的复杂，我们干燥所需要的时间也比较的长，产量也不是那么高，这些对我们的作业都会产生影响的，所以需要多留意。
一般来说，真空泵不能长时间工作，所以当真空度满足真空干燥机干燥材料的要求时，先关闭真空阀，再关闭真空泵电源。
当真空度小于真空干燥设备的材料要求时，打开真空阀和真空泵电源，继续抽真空，有利于延长真空泵的使用寿命，在程度上节省了更换真空泵或真空干燥机的成本。
一般来说，真空干燥机在运行中需要取样，检查物料干燥情况或分析物料，以便好地进行后续工序。取样时，需要关闭真空泵，打开真空管阀，然后打开真空系统上的放空阀，让设备进入气体，先暂停主机工作。其中，可根据加工需要进行取样。取样后可重新开启设备。
如果使用不当，真空干燥机会出现弯曲，密封套损坏，过滤头变形和破裂现象，如真空管在干燥过程中，这是因为在干燥过程中的外部空气进入反冲过滤器头部，当机体达到较高的真空度时，会对真空系统的损坏造成正负流动的强大冲击。
